01.「ペンギン・ハイウェイのテーマ The theme of Penguin Highway」
02.「天才少年の朝 Genius boy’s morning」
03.「プロジェクト・アマゾン Project “Amazon”」
04.「ペンギン発見 He found a penguin」
05.「マドンナ Madonna」
06.「お姉さん Dentist lady」
07.「最初の夢 The first dream」
08.「実験成功 Experiment succeeded」
09.「世界のしまい方 How to put away the world」
10.「未知との出会い Unknown encounter」
11.「夏休み Summer vacation」
12.「かわいがり She cherishes him」
13.「海辺のカフェ Café au bord de la mer」
14.「ペンギン号、<海>へ “Penguin” , sail away!」
15.「帝国の逆襲 The empire strikes back」
16.「ペンタを連れて Take Penta out」
17.「プロミネンス Prominence」
18.「全て一つの問題 All in one problem」
19.「円環の川 Ring shaped river」
20.「海辺の街へ To the seaside town」
21.「ジャバウォック Jabberwock」
22.「奪われる研究 Stolen research」
23.「悪い夢 Nightmare」
24.「エウレカ Eureka」
25.「脱出 Escape」
26.「研究発表 Research presentation」
27.「ペンギン・パレード Penguin’s parade」
28.「世界の果て World end」
29.「<海>の崩壊 Collapse of the sea」
30.「誰もいない街 No one in the city」
31.「これからの研究課題 Further research」